系所特色
東大生科系之發展主軸為生物技術領域、生態資源應用領域與應用生態資源之生物技術研究領域三大方向。生物技術領域研究主軸包含藥用植物功能性成分之分離純化研究、植物基因轉殖研究、機能性發酵與保健醫學研究、實驗動物與細胞生物技術、基因工程研究。生態資源應用領域研究主軸包含生態社區營造、海洋生物之生態生理研究、原住民生態文化產業。應用生態資源之生技領域發展出本系獨有特色研究，包含深層海水生技研究、農業生技研究、特用中草藥與食用菇菌之保健生醫研究等，除了具有豐富的國際期刊發表，同時也獲得十多件國內外專利。
本系具有各領域教師專業實驗室、試驗生態農場、動物細胞培養室、實驗動物室、植物栽培室、種原庫、專業儀器室等。同時配合學校發展花東發展計畫，耗資億元打造之先導型生技工廠，將提供學生生技研發、分析檢驗、大量生產製程及營運行銷等的課程學習與實習之場域。將是全國大學中最先進且最完整之生技實習工廠，可學習各類高端生技保健產品與生技保養品之生產製程與設備，包含大型萃取、濃縮、乾燥、殺菌等設備；膠囊、錠劑、滴丸、粉劑、液體等全自動化充填設備。屆時同學於此工廠可獲得完善學習、研究、工讀與實習場域，訓練同學最實務的就業能力，直接攻進入生技、食品、生技保養品等就業市場。生態領域貼近台東自然環境，培育生態就業市場必要之環境教育人員。本系與地方產業結合形成生物經濟發展聯盟，進行多項創新合作。不僅輔導在地產業的轉型與研發，更與全國知名企業合作研究與人才培育。為落實精緻教學與研究師徒理念，每年將此資源全數投入學生專題研究實作課程，課程中也將進入企業實習，學習實務與職場學習。讓學生在畢業前即具有專業的研發成果，培育具備更高的專業能力與就業力。
未來發展：
- 升學：生物科技所、食品生技所、分子生物技術所、生態所、生物醫學所、微生物免疫所、營養科學所、野生動物保育所、藥學所、獸醫所、學士後中西醫等。
- 相關證照：保健食品工程師、環境教育人員。
- 就業：
- 醫藥衛生類：食藥署、疾管局、各地衛生局、藥廠、醫學研究中心等。
- 食品農業生技類：水試所、農改場、農試所、食品所、工研院、中研院、食品企業、生技企業、國營企業 (台糖、台鹽、台酒、台肥)等。
- 環境與生態保育類：環保局、海生館、動植物園、林試所、林務局、生態農場、環境工程公司等。